1. 신임권찰과제직 : 각 목장의 목자가 본인 의사를 확인하여 추천하며, 운영위원회 인준과 2주간의 교육 후에 임명됩니다. 추천기본자격은 주일성수, 십일조(권찰은생활의십일조이상), 생명의삶수료, 목장출석, 회원교인입니다. 현재의 권찰과 제직은 매년 유임 동의서에 서명함으로 재임명됩니다. 

  2. 운영위원 : 제자교회는 매년 교우들에 의하여 목자 중에서 운영위원을 선택하여 교회 운영을 실질적으로 하고 있습니다. 운영위원을 목자들로 선택하는 이유는 제자교회 자체가 여러 개의 가정교회로 이루어져있기에 가정교회를 이끌어가는 목자들은 교회의 지도자라고 말할 수 있기 때문입니다. 이외에도 운영위원을 목자 중에서 뽑게 되면 몇 가지 장점이 있습니다.

  첫째는 개념상으로 운영위원과 목자의 관계가 분명해집니다. 운영위원은 목자 가운데서 더 많은 일을 책임지도록 뽑힌 사람이라는 개념입니다. 둘째는 운영위원은 목회 경험이 있는 사람들 틈에서 추천되고 선정된다는 것입니다. 목회 사역을 안 해 보면 교회 일을 의논할 때 추상적인 의견만 제시하기가 쉬운데 이런 문제가 사라집니다. 셋째는 자격이 있는 분들이 운영위원이 된다는 것입니다. 목자는 이미 교회의 지도자이며, 직접 목양을 함으로 희생과 섬김의 자세를 보이고 있는 분들입니다. 이런 분들 가운데 운영위원을 선택할 때에 참으로 섬기는 자세를 가지신 분들을 운영위원으로 선출할 수 있게 된다는 것입니다. 넷째는 운영위원을 교우들이 목자들 중에서 직접 선택함으로서 담임목사의 사적인 감정이 배제될 수 있게 된다는 것입니다. 그 동안 운영위원을 담임목사가 세울 때는 사적인 감정이 전혀 없었다고 할 수 없습니다. 그러나 운영위원을 교우들이 선택함으로 담임목사는 물론 교우들에게 인정받으신 분들이 교회를 섬길 수 있게 된다는 것입니다.

  운영위원을 목자들 중에서 뽑을 때 한 가지 결점이 있다면 운영위원의 자격을 갖고 계신 분이 목자가 아니기 때문에 운영위원후보에서 제외될 수 있다는 것입니다. 그러나 이런 분은 소속목장에서 열심히 하여 분가하시고 목자가 되어서 가정교회 목회를 하면서 운영위원으로 교회를 섬길 때 더 큰 하나님의 복을 받으실 것입니다. 운영위원을 뽑는 이러한 기준은 우리 교회에서 안수집사님과 장로님을 세우는 기준이 될 것입니다. 앞으로 우리 교회에서 안수집사님과 장로님이 목자 중에서 다수가 세워지게 되면 자연히 운영위원은 이미 교우들이 선택한 안수집사님들과 장로님들로 구성되어지게 될 것입니다.

  3. 각사역부서장 : 가급적 교회사역 선택지를 통하여 자신의 선택과 자원에 의하여 세우겠습니다. 선택과 자원이 책임감을 가지고 사역을 할 수 있다고 생각되기 때문입니다. 단 선택을 하지 않은 사역에 대해서는 적임자를 담임목사가 찾아 권면 후에 맡기겠습니다. 단 각 사역부서장은 목자(목녀)중에서 운영위원이 되지 않으신 분들이 우선 대상자이며, 재정사역부장은 집사이상으로 52주일예배참석이 가능하고, 새벽기도회에 매주 3회 이상 나와 재정을 위하여 기도할 수 있는 사람이어야 합니다. 회원교인은 반드시 한 가지 이상 사역을 해야 합니다.